C’est le 27 juillet 1895 à Pontarlier que Robert Fernier voit le jour. Ses parents gèrent l’hôtel du Mont. Sa mère est originaire du Lava en pays Sauget, son père du hameau de Friard, près du lac Saint-Point.
Enfant rêveur, et après des études sans éclat au collège de Pontarlier, il a la révélation de la peinture en 1911, à l’occasion d’un séjour linguistique à Bâle. Alors que son père espérait le voir reprendre l’affaire familiale, il obtient finalement avec l’appui de sa mère, les moyens de s’inscrire en 1912 à l’École des beaux-arts de Dijon. Il n’y reste que six mois, l’enseignement ne le satisfait pas. Il part à Paris pour préparer son admission à l’École des beaux-arts et y rejoindre son ami Marius Laithier dans l’atelier Cormon. Une fois admis, il n’y restera que quelques mois, la classe 1915 étant mobilisée par anticipation.
Les épouvantables pertes de 1914 ayant clairsemé les rangs sur le front, il est mobilisé au 15ème Régiment de chasseurs à pieds à Besançon et envoyé en formation au fort de Salins-les-Bains. En avril 1915, il est affecté au 121ème BCP et prend position au Lingekopf, dans les Vosges. Il est blessé à la main et évacué le 27 juillet, après avoir été enterré puis déterré par un tir d’obus. Il participera ensuite à toutes les grandes batailles de la guerre : Artois, Verdun, Champagne, Somme, Aisne, Vosges, Champagne, et finalement Ardennes. Il sera libéré en septembre 1919, avec la Médaille Militaire et la Croix de Guerre avec 3 citations.
Dès sa libération, il retourne à l’Atelier Cormon, mais constatant que les « vieux » n’y avaient plus réellement leur place, il quittera les Beaux-arts peu après la mort de son maître Cormon. Parallèlement, il se perfectionne auprès de Gustave Courtois qui saura l’introduire après de mécènes qui l’aideront à se lancer dans la carrière. Désireux de rattraper le temps perdu, il organise dès 1923 sa première exposition à Paris ; en 1924 il entraîne plusieurs de ses amis des beaux-arts à Pontarlier et crée le Salon des Annonciades qui deviendra avant-guerre le salon de référence de l’Est de la France ; en 1930, il publie les biographies du Dr Grenier et de Gustave Courtois et son premier livre «Le patron du 10». Ses élèves suisses exposent aux Annonciades et formeront «l’École de Ste Croix». Pendant ce temps, il collectionne les médailles au Salon : Or en 1932 pour La Foire à Pontarlier, Or en 1937 à l’Exposition Internationale de Paris pour Bénédiction des Campènes, etc.. En 1936, il est nommé Chevalier de la Légion d’Honneur en reconnaissance du travail de promotion des artistes anciens combattants. En 1938 il participe à la création de la «Société des amis de Gustave Courbet », créée dans le but de racheter la maison natale de l’artiste, et en assure la direction. Il s’engage également pour la création d’un Musée à Pontarlier.
La situation économique de la France juste après-guerre étant difficile, il doit trouver de nouveaux clients : en France, il multiplie les expositions dans des salons de Groupe ; en Suisse. En 1949 il se décide d’aller à Casablanca voir son ami pontissalien Gabriel Damitio car le marché y est beaucoup plus favorable. Après une brève période d’adaptation, il s’ouvre aux nouvelles couleurs et s’enthousiasme. Il y fera plusieurs séjours jusqu’en 1952 quand il découvre les avantages matériels dont bénéficient le lauréat du Prix du Maroc au Salon de la France d’Outre-mer. Lorsqu’il présente son travail, le prix a déjà été attribué. La secrétaire lui propose de concourir pour le Prix de Madagascar. Il le gagne et part immédiatement vers un pays dont il ne connaît rien. Ce sera une révélation. Il y retournera régulièrement jusqu’en 1960.
En 1962 il fait un premier séjour à Tahiti et aux Marquises avec son épouse tahitienne, Bibi. Il s’attache à peindre les paysages et les fleurs. Il y retournera une seconde fois en 1965-1966, mais avec l’arrivée des militaires affectés à Mururoa, il trouve que l’île a perdu beaucoup de son charme.
De retour en France, il se fixe à Pontarlier et expose. En 1968, sa vue se brouille et on lui diagnostique un glaucome. Ne pouvant plus peindre, il consacrera l’essentiel de son temps à finir le Catalogue raisonné de l’œuvre de Gustave Courbet qui ne sortira malheureusement juste après son décès. En 1971, la maison natale de Courbet ayant finalement pu être achetée, le Musée Courbet est inauguré à Ornans.
Il s’éteint le 27 mai 1977 dans sa propriété à Goux-les-Usiers où il est enterré. Peu après, le Musée Municipal de Pontarlier pour lequel il s’était activement engagé ouvrait.